Die Ursache der Gewässerverunreinigung an der Neuen Aue ist noch ungeklärt. Eine limnologische Untersuchung zeigte, dass Sauerstoffgehalte in Teilen des Sees und im Gewässerverlauf drastisch gesunken sind. Ob Einleitungen oberhalb des Auesees zum Absterben eines Teils der Krebsscheren und so zur erheblichen Sauerstoffzehrung geführt haben oder ob natürliches Absterben von Teilbeständen der Krebsschere dazu geführt hat, ist ungeklärt.
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